PANNATURA bewirtschaftet Flächen in unterschiedlichen Schutz- und Kulturlandschaften des Nordburgenlands und ist in Programme des Natur- und Landschaftsschutzes eingebunden.

Dazu zählen rund 5.000 Hektar Flächen im Nationalparkgebiet, Anteile am Schilfgürtel des Neusiedler Sees sowie weitere extensiv genutzte Flächen wie Hutweiden. Durch die Bereitstellung von Flächen für den Nationalpark Neusiedler See-Seewinkel wurden Voraussetzungen für die Entwicklung des heutigen Schutzgebiets geschaffen.

Am Westufer des Neusiedler Sees wurde mit 1. Februar 2015 auf einem rund 900 Hektar großen Gebiet die Wasservogeljagd eingestellt. Die Flächen sind Teil des RAMSAR RESERVE-Gebiets, das dem Schutz und der Entwicklung von Lebensräumen für Tier- und Pflanzenarten dient, insbesondere für Wasservögel und weitere Vogelarten.

Die Bewirtschaftung der Flächen erfolgt unter Berücksichtigung naturschutzfachlicher Anforderungen und der jeweils geltenden gesetzlichen sowie förderrechtlichen Vorgaben. Dabei werden Maßnahmen umgesetzt, die auf den Erhalt unterschiedlicher Lebensräume und Landschaftselemente ausgerichtet sind.

Die landwirtschaftlichen Flächen werden biologisch bewirtschaftet. Auf den Einsatz chemisch-synthetischer Pflanzenschutzmittel sowie mineralischer Stickstoffdünger wird im Rahmen der biologischen Bewirtschaftung verzichtet. Die Bewirtschaftung orientiert sich an den Vorgaben der biologischen Landwirtschaft.

Auch im Bereich Transport und Logistik werden laufend technische Weiterentwicklungen berücksichtigt. Für den Rundholztransport werden unter anderem Fahrzeuge der Emissionsklasse Euro 6 eingesetzt.